Η Κρήτη είναι απομονωμένη από τις υπόλοιπες ηπειρωτικές περιοχές της Ευρώπης, της Ασίας και της Αφρικής, γεγονός που αποτυπώνεται έντονα στη γενετική διαφορετικότητα της πανίδας και της χλωρίδας του νησιού. Από τον κρητικό αίγαγρο (κρι κρι), τον κρητικό αγριόγατο και την Κρητική μυγαλή, ως τα στενοενδημικά αρθρόποδα και τις νυχτερίδες της Κρήτης, η πανίδα της Κρήτης κρύβει πολλά μυστικά για την εξέλιξη των ειδών.
Στη Κρήτη δεν υπάρχουν ζώα επικίνδυνα για τον άνθρωπο, όπως συμβαίνει στις υπόλοιπες περιοχές της Ηπειρωτικής Ελλάδας. Μάλιστα, οι πρόγονοί μας απέδιδαν στην Κρήτη την έλλειψη μεγάλων θηλαστικών -όπως αρκούδων, λύκων, τσακαλιών, αλλά και δηλητηριωδών φιδιών- στον άθλο του Ηρακλή (η σύλληψη του ταύρου της Κρήτης και η μεταφορά του στις Μυκήνες), ο οποίος ήθελε να τιμήσει έτσι τη γενέτειρα του Δία, γι` αυτό την καθάρισε από κάθε "βλαβερό" και "δηλητηριώδες" ζώο. Οι μεταγενέστεροι πίστευαν ότι το νησί το καθάρισε ο Απόστολος Παύλος, που έμεινε για δύο χρόνια στο νησί, με τους εξορκισμούς του και τις ευλογίες του.
Κυριότερα θηλαστικά του νησιού αποτελούν ο ασβός, η νυφίτσα, η ζουρίδα (πετροκούναβο), ο σκαντζόχοιρος, οι μυγαλές, ο μυωξός, διάφορα είδη ποντικών και αρουραίων και πολλά είδη νυχτερίδας. Επίσης, τα νερά της Κρήτης φιλοξενούν μεγάλο αριθμό θαλάσσιων θηλαστικών, όπως φυσητήρες, φάλαινες, δελφίνια και φώκιες μοναχούς.
Οι ουρανοί της Κρήτης φιλοξενούν ένα μεγάλο αριθμό αρπακτικών πτηνών, με κυριότερα τους απειλούμενους γυπαετούς και τους χρυσαετούς. Επίσης, οι ακτές του νησιού αποτελούν σημαντικό καταφύγιο για θαλάσσιες χελώνες Caretta caretta ή δερματοχελώνες.
Εκτός από τα ζώα, υπάρχουν πολλά ενδημικά είδη φυτών, ακόμη και σε στενοενδημική μορφή, δηλαδή που βρίσκονται απομονωμένα σε περιορισμένες περιοχές. Στην Κρήτη υπάρχουν εκατοντάδες είδη ορχιδέας, που αποτελούν πόλο έλξης για τους λάτρεις και τους ερευνητές των φυτών. Επίσης γνωστά είναι τα βότανα της Κρήτης, όπως ο δίκταμος και η κόκκινη τουλίπα, η οποία πλέον απαντάται σε πολύ λίγα μέρη.