Νεολιθική περίοδος
Η καταγεγραμμένη ιστορία του νησιού ξεκινά κατά τη Νεολιθική περίοδο, κοντά στο 7000 π.Χ. Οι πρώτοι κάτοικοι φέρονται να έφθασαν στην Κρήτη από τη Μικρά Ασία ή τη Βόρεια Αφρική και να αναπτύχθηκαν αργά για τα επόμενα 3.000 χρόνια. Αρχικά καλλιέργησαν τη γη με πρωτόγονες μεθόδους, έμαθαν την εκτροφή των ζώων και σχηματίστηκαν οι πρώτοι οικισμοί. Ο πληθυσμός κατοικούσε σε λίθινα σπίτια και σπανιότερα σε σπηλιές, όπως μαρτυρούν ευρήματα στα σπήλαια της Ειλείθυιας, του Στραβομύτη, του Ελληνοσπήλαιου κ.ά όπου έχουν βρεθεί όπλα, εργαλεία, αγγεία, λεπίδες και κοκκάλινοι ή λίθινοι πέλεκεις, όπως και αντικείμενα θρησκευτικής λατρείας αφιερωμένα στη θεά της γονιμότητας. Το νησί απομονωμένο, λόγω της φύσης της νεολιθικής οικονομίας, βασιζόταν στην αυτάρκεια και επιβίωνε χάρη στη γεωργία και την κτηνοτροφία. Με την πάροδο του χρόνου, η σχετικά πρωτόγονη αγγειοπλαστική εξελίχθηκε με τη χρήση της φωτιάς και βελτιώθηκε καλλιτεχνικά. Κατάλοιπα της συγκεκριμένης περιόδου έχουν ανεβρεθεί στη Φαιστό, στην Κνωσό και στη Σητεία.Προανακτορική περίοδος
Σύμφωνα με τον Άγγλο αρχαιολόγο Έβανς, γύρω στο 2600 π.Χ δύο φυλετικά στοιχεία εγκαταστάθηκαν στα παράλια της Κρήτης: Ένα πρωτολιβυκό προερχόμενο από την Αίγυπτο και ένα από τη Μικρά Ασία. Οι Κρήτες, αρχικά, διατήρησαν τον παραδοσιακό τρόπο ζωής, γρήγορα όμως αφομοιώθηκαν με τα δύο νέα φύλα, όπως μαρτυρούν τα σχετικά ευρήματα. Με τη διάδοση της χρήσης του χαλκού αυξάνεται ο πληθυσμός του νησιού και αρχίζουν, γύρω στο 2000 π.Χ., οι πρώτες εμπορικές επαφές με τις γειτονικές περιοχές των Κυκλάδων, της Μικράς Ασίας και της Αιγύπτου, οι οποίες ευνοήθηκαν από την καίρια γεωγραφική θέση του νησιού και έθεσαν έτσι τις βάσεις της δημιουργίας του λαμπρού μετέπειτα Μινωϊκού πολιτισμού. Τα πρώτα αστικά κέντρα του νησιού σχηματίζονται κατά το 2000 π.Χ. γύρω από τα παλάτια των τοπικών αρχόντων στο κέντρο των διάφορων αγροτικών κοινωνιών και ο πλούτος ορίζεται από τα γεωργικά πλεονάσματα. Αυτού του είδους η κοινωνική οργάνωση διήρκεσε για μια περίοδο 600-700 χρόνων και ήκμασε κατά τη διάρκεια του Μινωϊκού πολιτισμού, στα μέσα της δεύτερης χιλιετίας προ Χριστού.
Ανακτορικές περιόδοι και Μινωϊκός πολιτισμός
Κατά το 1900 π.Χ. χτίζονται στην Κρήτη τα πρώτα ανάκτορα, επακόλουθο της μεγάλης οικονομικής ανάπτυξης του νησιού. Σύμφωνα με τις αρχαιολογικές ανασκαφές, εκείνη την εποχή δημιουργούνται τα ανάκτορα της Κνωσού, της Φαιστού, των Μαλίων και της Κάτω Ζάκρου. Σημαντικό εύρημα της Παλαιοανακτορικής περιόδου θεωρείται ο δίσκος της Φαιστού (1700-1600 π.Χ.). Το τέλος της Παλαιοανακτορικής περιόδου θεωρείται πως επέφερε ο μεγάλος σεισμός του 1700 π.Χ. που προκάλεσε την καταστροφή των περισσότερων ανακτόρων.
Με την ανοικοδόμηση των ανακτόρων εγκαινιάζεται η Νεοανακτορική εποχή που θεωρείται ως η περίοδος της ακμής του Μινωϊκού πολιτισμού, κέντρο του οποίου ήταν η Κνωσσός, 10 χλμ νότια του Ηρακλείου. Η Κνωσός βασίλευσε στην Κρήτη απόλυτα χωρίς κίνδυνο εσωτερικών ή εξωτερικών εισβολών, όπως καταμαρτυρά η παντελής έλλειψη οχυρωματικών έργων γύρω από το ανάκτορο. Τα παλάτια της Ζάκρου, των Μαλίων, της Φαιστού κ.α. ιδρύθηκαν ως τοπικά διοικητικά κέντρα και χρησιμοποιήθηκαν στον έλεγχο του εμπορίου μεταξύ Κνωσού και Κύπρου, ηπειρωτικής Ελλάδας και με τους υπόλοιπους εμπορικούς εταίρους. Τα αρχαιολογικά ευρήματα της συγκεκριμένης εποχής μας φανερώνουν πολλές πτυχές της οργάνωσης, της οικονομίας και της καθημερινότητας του νησιού, που διέφερε από πόλη σε πόλη. Κύρια ενασχόληση των κατοίκων αποτελούσε πρωτίστως η ναυτιλία και το εμπόριο, ενώ σε δεύτερη μοίρα πλέον είχαν περάσει η γεωργία, η κτηνοτροφία, η υφαντική και η κεραμική. Το μεγαλύτερο μέρος της εμπορικής κίνησης της Κρήτης συγκεντρωνόταν στα λιμάνια της Αγίας Τριάδας, των Μαλίων, της Φαιστού και της Αμνισού και τα προϊόντα μεταφέρονταν στο εσωτερικό της μέσω του πολύ καλά οργανωμένου οδικού δικτύου της εποχής.
Παλαιότερα πιστευόταν πως ο Μινωικός πολιτισμός έφτασε απρόοπτα στο τέλος του με την τελευταία μεγάλη έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας (Σαντορίνης). Η υπόθεση διατυπώθηκε για πρώτη φορά από τον Έλληνα αρχαιολόγο Σπύρο Μαρινάτο στη δεκαετία του 1930. Ο Μαρινάτος υποστήριξε ότι η καταστροφή της Κνωσσού και της Φαιστού προκλήθηκε από πελώρια παλιρροϊκά κύματα και νέφη στάχτης που αποδυνάμωσαν σημαντικά την εσωτερική και εξωτερική οικονομία του νησιού. Η υπόθεση αυτή δεν είναι πια αποδεκτή σήμερα.
Αχαιοί
Πρώτοι οι Αχαιοί καταλαμβάνουν την Κνωσό εδραιώνοντας την κυριαρχία τους και ο ισχυρός σεισμός του 1380 π.Χ. εξαφανίζει, μαζί με το ανάκτορο της Κνωσού, τα τελευταία δείγματα Μινωικού πολιτισμού. Κατά το 1200 π.Χ., οι πηγές αναφέρουν ότι η Κρήτη διέθετε ισχυρό στόλο, ο οποίος λίμναζε και πραγματοποιούσε πειρατικές επιδρομές στην περιοχή της ανατολικής Μεσογείου. Παράλληλα η Κρήτη συμμετέχει στον Τρωικό Πόλεμο, με αρχηγό το βασιλιά Ιδομενέα, γιο του Δευκαλίωνα κι εγγονό του βασιλιά Μίνωα.Δωριείς
Τον 10ο π.Χ. αιώνα, στην Κρήτη καταφθάνουν οι Δωριείς και εγκαθίστανται στις σημαντικότερες πόλεις του νησιού (Κνωσό, Φαιστό, Γόρτυνα, Τύλισο, Χερσόνησο, Κυδωνία κ.α.). Οι αυτόχθονες, γνωστοί και ως Ετεοκρήτες καταφεύγουν στις δυσπρόσιτες περιοχές της κεντρικής και ανατολικής Κρήτης, ενώ οι νέοι κάτοικοι εισάγουν στο νησί σειρά καινούργιων εθίμων (κάψιμο των νεκρών κ.ά) και νέων παραγωγικών μεθόδων, όπως η γενικευμένη χρήση του σιδήρου, ο οποίος πλέον χρησιμοποιείται, εκτός από την κατασκευή όπλων, και στην κατασκευή εργαλείων και διακοσμητικών αντικειμένων.
Με την επικράτηση των Δωριέων στην Κρήτη, θα κυριαρχήσει στην πολιτική ζωή της Κρήτης η ολιγαρχία και η τοπική κρητική κοινωνία θα αρχίσει να εμφανίζει σαφείς ομοιότητες με τη σπαρτιατική. Πάνω από 100 πόλεις-κράτη δημιουργούνται, με σημαντικότερες εκείνες της Γόρτυνος, της Φαιστού, της Κνωσού, της Ιεράπυτνας (σημερινή Ιεράπετρα) και της Κυδωνίας. Οι κοινωνικές ομάδες θα διαιρεθούν σε τέσσερις κατηγορίες: στους Δωριείς, στους Περίοικους, στους Μινωίτες και στους Αφαμιώτες ή Κλαρώτες (οι δυο τελευταίες περιελάμβαναν δούλους χωρίς πολιτικά δικαιώματα). Κατά τον 7ο π.Χ. αιώνα παρουσιάζεται άνθηση στην πολιτιστική και καλλιτεχνική δημιουργία της Κρήτης, η οποία όμως θα διαταραχθεί από τις εχθρικές επιδρομές που ακολουθούν.
Κλασική και Ελληνιστική περίοδος
Καθ' όλη τη διάρκεια της κλασικής περιόδου και ενώ στην ηπειρωτική Ελλάδα οι πόλεις εμπλέκονται σε αλλεπάλληλους πολέμους και προστριβές, οι πόλεις της Κρήτης θα παραμείνουν αμέτοχες, ακόμα και στις δυο μεγάλες συρράξεις της εποχής, τους Περσικούς Πολέμους και τον Πελοποννησιακό Πόλεμο. Κατά την εποχή του Μεγάλου Αλεξάνδρου καλλιεργήθηκε έντονο φιλομακεδονικό ρεύμα στην Κρήτη. Το 216 π.Χ. οι Κρήτες ανακηρύσσουν το Μακεδόνα βασιλιά Φίλιππο Ε' προστάτη του νησιού, ενώ την ίδια εποχή είναι έκδηλη και η επιρροή των Πτολεμαίων. Σε μια προσπάθεια καταπολέμησης του φιλομακεδονικού ρεύματος της Κρήτης, η [[Αρχαία Σπάρτη|Σπάρτη] έστειλε κατά του νησιού το ναύαρχο Αμφοτερό.
Αργότερα την Κρήτη μαστίζει ο Κρητικός Πόλεμος, ο οποίος έληξε με ήττα των φιλομακεδονικών πόλεων της Ιεράπυτνας και της Ολούντας απο την Κνωσό που συμμάχησε με τη Ρόδο και την Ρώμη. Δέχτηκε επιδρομές από πειρατές της Κιλικίας και το 67 π.Χ., έπειτα από σκληρή διετή αντίσταση, κατελήφθη εξ ολοκλήρου από τους Ρωμαίους, με τελευταία πόλη να υποτάσσεται στις λεγεώνες την Ιεράπυτνα, υπό το πρόσχημα της υποστήριξης στον βασιλιά του Πόντου Μιθριδάτη.
Ρωμαιοκρατία
Με την κατάληψη του νησιού από τους Ρωμαίους ξεκινά μια μακρά περίοδος ειρήνης και ευημερίας στα πλαίσια της οποίας αναπτύχθηκαν εκ νέου οι πόλεις της Κυδωνίας, Κνωσού και Φαιστού. Ως διοικητικό κέντρο του νησιού ορίζεται η Γόρτυνα, η μόνη πόλη που δεν καταστράφηκε από τη ρωμαïκή εισβολή, έχοντας συμμαχήσει με τους κατακτητές. Η παρουσία των Ρωμαίων δεν επηρέασε ουσιαστικά την καθημερινότητα των κατοίκων, οι οποίοι διατήρησαν τη γλώσσα, τα ήθη και τα έθιμα τους. Παράλληλα, το Κοινόν των Κρητών διατήρησε την ελεύθερη λειτουργία του. Οι Ρωμαίοι κατασκεύασαν σημαντικά δημόσια έργα, λείψανα των οποίων διασώζονται μέχρι σήμερα. Το 58 μ.Χ. η Κρήτη έρχεται σε επαφή με τον Χριστιανισμό χάρη στο μαθητή του Αποστόλου Παύλου, Τίτο.
Πρωτοβυζαντινή περίοδος
Με τη διάσπαση του Ρωμαïκου Κράτους σε Ανατολικό και Δυτικό το 395, η Κρήτη περνά στο πρώτο, τη μετέπειτα Βυζαντινή αυτοκρατορία. Κατά τον 5ο αιώνα αρχίζει να εξαπλώνεται στη νήσο ο Χριστιανισμός και η επισκοπή της Κρήτης υπάγεται στο Πατριαρχείο Κωνσταντινούπολης και χτίζονται οι πρώτες μεγάλες εκκλησίες, με κυριότερη τη βασιλική του Αγίου Τίτου, που σώζεται μέχρι σήμερα στη Γόρτυνα.
Αραβοκρατία
Η Κρήτη εξακολουθεί να αποτελεί τμήμα της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας μέχρι και το 823, όπου, επί αυτοκράτορα Μιχαήλ Τραυλού, οι Σαρακηνοί της Ισπανίας υπο την αρχηγία του Απόχαψι επέδραμαν με 20 πλοία λεηλατώντας το νησί. Τη σθεναρότερη αντίσταση στους Σαρακηνούς κατακτητές επέδειξε η πρωτεύουσα Γόρτυνα. Το επόμενο έτος, ο Απόχαψις επανέρχεται με 40 πλοία, κατακτά εξ ολοκλήρου το νησί και ως νέα πρωτεύουσα οι Άραβες ορίζουν το νεόκτιστο Χάνδακα. Την κατάληψη της Κρήτης ακολούθησε η άγρια καταδίωξη του χριστιανικού πληθυσμού με αποτέλεσμα σημαντική εθνολογική και θρησκευτική αλλοίωση. Αρκετοί ντόπιοι σφαγιάστηκαν, άλλοι θανατώθηκαν αρνούμενοι να εξισλαμιστούν, άλλοι εξισλαμίστηκαν δια της βίας, ενώ άλλοι κατέφυγαν για να γλιτώσουν στα ορεινά του νησιού. Έπειτα η Κρήτη εποικίστηκε από αρκετούς Άραβες.
Οι Βυζαντινοί επιχείρησαν επανειλημμένα να ανακτήσουν το νησί, το οποίο πλέον είχε μετατραπεί σε ορμητήριο πειρατών και σε σκλαβοπάζαρο, το 825-26, το 902 και το 949 διαδοχικά, χωρίς όμως αποτέλεσμα.
Ανακατάληψη Κρήτης από το Νικηφόρο Φωκά
Το 960 ο Νικηφόρος Φωκάς επέδραμε κατά της Κρήτης ελευθερώνοντας το νησί, αφού κατάφερε να αλώσει τον Χάνδακα, στον οποίο είχαν κλειστεί οι Άραβες. Περίπου 200.000 Άραβες υπολογίζεται ότι σκοτώθηκαν κατά τις μάχες και την άλωση του Χάνδακα, ενώ άλλοι τόσοι αιχμαλωτίστηκαν. Καθώς στα 136 χρόνια Αραβοκρατίας ο χριστιανικός πληθυσμός είχε συρρικνωθεί αισθητά και ελήφθησαν σημαντικά μέτρα για την αναζωπύρωσή του: Τα τζαμιά μετατράπηκαν σε εκκλησίες, πλήθος Κρήτες που είχαν εξισλαμισθεί με τη βία εκχριστιανίστηκαν και νέοι πληθυσμοί, Έλληνες ως επί το πλείστον, εγκαταστάθηκαν μαζί με ομάδες Σλάβων και Αρμενίων.
Το 1092, υποκινούμενη από τους Καρύτση και Ραψομμάτη, ξεσπάει εξέγερση στην Κρήτη, η οποία σύντομα κατεστάλη. Έπειτα νέοι άποικοι εμφανίζονται στο νησί, από τους οποίους προέρχονται μετέπειτα αριστοκρατικοί οίκοι του νησιού, όπως οι Φωκάδες, Καλλέργηδες, Μελισσηνοί, Βλαστοί κ.α.
Ενετοκρατία
Η Κρήτη το 1563. Ναυτικός χάρτης από τον Giorgio Calapoda (Παλάτι των Δόγηδων).
Η Βυζαντινή περίοδος έλαβε οριστικά τέλος το 1204, με την πτώση της Κωνσταντινούπολης στις ορδές των Σταυροφόρων. Αρχικά την Κρήτη κατέλαβαν Γενουάτες, αλλά μετά από πόλεμο που διήρκεσε ως το 1211 το νησί περιέρχεται στους Ενετούς. Τα Χανιά, το Ρέθυμνο και το Ηράκλειο γίνονται ορμητήρια των Ενετών, οι οποίοι χτίζουν οχυρωματικά έργα που διασώζονται μέχρι σήμερα. Πρωτεύουσα του νησιού ήταν τότε το Ηράκλειο, που ονομαζόταν Χάνδακας, από το χαντάκι που περιέβαλλε τα τείχη της πόλης. Κατά τα χρόνια της Ενετοκρατίας σημειώθηκαν δεκάδες επαναστάσεις, με κυριότερες εκείνες των Αργυρόπουλων (1212), των Μελισσηνών (1230), των Χορτάτσηδων και των Καλλέργηδων (1273) και την επανάσταση που σε συνεργασία με τους Βενετούς αποίκους του 1363 που οδήγησε στη δημιουργία του βραχύβιου κράτους της Δημοκρατίας του Αγίου Τίτου.
Οι τελευταίοι δύο αιώνες της βενετικής κατοχής χαρακτηρίζονται ως οι πλέον σκληρότεροι. Εν τούτοις, την ίδια περίοδο, η Κρήτη παρουσιάζει σημαντική πολιτιστική άνθηση. Ιδιαίτερα αναπτύχθηκε η κρητική λογοτεχνία και δημιουργήθηκαν μείζονα, παγκόσμια έργα της νεότερης ελληνικής λογοτεχνικής παραγωγής, όπως ο Ερωτόκριτος του Βιντσέντζου Κορνάρου και η Ερωφίλη του Γεώργιου Χορτάτση.
Τουρκοκρατία
Το 1645, με αφορμή την επίθεση πειρατών σε πλοίο με προσκυνητές, οι Οθωμανοί εκστράτευσαν κατά της Κρήτης. Τον Αύγουστο του ίδιου έτους κατέλαβαν τα Χανιά και κατά το επόμενο, το Ρέθυμνο. Ύστερα από 21 ετών διαρκή πολιορκία, ο Χάνδακας πέρασε και αυτός υπό οθωμανική κατοχή, το 1669 και το 1715 οι Βενετοί παραχώρησαν στους Τούρκους τα τελευταία φυλάκια που διατηρούσαν στο νησί. Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας ο Χριστιανισμός γνώρισε και πάλι απάνθρωπη καταπίεση. Ενδεικτικό φαίνεται το γεγονός ότι στις παραμονές της Επανάστασης του 1821, λόγω της Τουρκικής αποίκισης και των εξισλαμιστικών πρακτικών, Μουσουλμάνοι και Χριστιανοί υπολογίζονταν ως σχεδόν ίσοι πληθυσμιακά. Η Ελληνική Επανάσταση του 1821, που ολοκληρώθηκε με την υπογραφή της Συνθήκης του Λονδίνου το 1832, δεν περιέλαβε την Κρήτη, η οποία έγινε έκτοτε πεδίο εξαιρετικά βίαιων απελευθερωτικών ξεσηκωμών κατά τον 19ο αιώνα. Κυριότεροι από αυτούς ήταν οι επαναστάσεις του 1866-1869 και του 1897-1898. Τελικά, το 1897, μετά τη δολοφονία του Βρετανού πρόξενου στα Χανιά και μερικών προξενικών φρουρών από τις τουρκικές αρχές, στόλοι της Βρετανίας, της Γαλλίας, της Ρωσίας και της Ιταλίας κατέπλευσαν στην Κρήτη θέτοντας τέλος στην Οθωμανική κυριαρχία.
Η Κρητική νήσος ανακηρύχθηκε ως ανεξάρτητο κράτος με το όνομα «Κρητική Πολιτεία», υπό τη διοίκηση του Πρίγκηπα Γεωργίου της Ελλάδας. Κήρυξε την ένωσή της με την Ελλάδα και κατάργησε την αρμοστεία στις 12 Οκτωβρίου 1908 (στις 25 Οκτωβρίου με το νέο ημερολόγιο) και ενώθηκε τελικώς με τη χώρα μετά τους Βαλκανικούς Πολέμους του 1912-13. Υπολογίζεται πως κατά την ένωση οι Έλληνες αποτελούσαν το 90% των κατοίκων της Κρήτης.